Etiket arşivi: biyoloji

ChIP-Seq: DNA İlişkili Proteinlerin Görev Yerlerini Bulmak

Bilim öncelikle doğayı anlamaya çalışır. Işığı, sesi, maddeyi; bir şeylerin diğerleri ile etkileşimini, süreçleri, olayları kısacası olan biten her şeyi. Anladığı şeyleri taklit etmeye, sürdürmeye, engellemeye, kontrol etmeye, geliştirmeye çalışır.

Bilimin karmaşık görünen yöntemlerinin altında yatan mantık çoğu zaman çok doğrudan ya da basittir fakat zekicedir. Biyolojik ortamlar söz konusu olduğunda ise yaşayan, dinamik bir dünyayı gözlemlemek oldukça zordur. Her şeyin hem de her şeyin moleküllerin birbiri ile etkileşiminden ibaret olduğu bir alana burnunuzu sokmak için zekice kurgulanmış bir yönteme ihtiyaç duyarsınız. Tıpkı DNA’nın üzerinde görev yapan proteinleri gözlemlemek için onları bulundukları yere sabitlemek gibi.

ChIP-Seq: DNA İlişkili Proteinlerin Görev Yerlerini Bulmak yazısının devamı

Reklamlar

D3’e Övgü

Veri analizinde en anlaşılır sonucu ortaya koyan tutumlardan biri görşelleştirmedir. Hatta karman çorman görünen veriler görselleştirme ile pek bi’ anlamlı görünür. Bugün biliyoruz ki görselleştirme için programlama dilleri ve yazılımlar gibi dijital araçlar kullanıyor.

Veri görselleştirme araçları arasında kullanım kolaylığı ve yenilikçiliği ile öne çıkan D3’ten biraz bahsetmek istiyorum. D3, web tarayıcısında özetle görselleştirme yapmak, etkileşimli grafikler oluşturmak için kullanılan bir JavaScript kütüphanesidir.

www.d3js.org 

HTML, CSS ve SVG tabanlıdır. Yani bu da demektir ki D3 kullanabilmek için en azından bu alt yapılara sahip olmak gerekiyor.

D3, öğrenmesi kolay ancak geliştirilmesi emek isteyen bir araç. D3 ile oldukça geniş bir yelpazede etkileşimli veri görüntüleme gerçekleştirebilirsiniz. Hemen biraz üstte vermiş olduğum adreste D3’ün maharetlerine hızlıca göz atabilirsiniz. Her bir örnek görselinin altında kaynak kodlarının verilmiş olduğunu görebilirsiniz; D3’ü kullanımı kolay yapan da bu doğrudanlığı aslında.

Kısacası D3, işi veri analizi ve veri görüntülemeye bir yerde düşen herkes için paha biçilemez bir kaynak.

D3 kullanabilmek için en azında HTML ve CSS bilmek gerektiğinden bahsetmiştim. Bunun için Codeacademy’de ilgili dersler size hemen yardımcı olabilir. Bu derslere de https://www.codecademy.com/en/tracks/web adresinden ulaşabilirsiniz.

Ek: Biyoloji alanında veri görselleştirme neye benzer diye aklınızdan geçiyorsa da http://ahmetrasit.com/blosum/ adresindeki uygulamaya göz atabilirsiniz.

 
 

Bir Kurs Geçti, Kamp Devam Ediyor

Ne zaman biyoinformatikle ilgili bir yazı yazacak olsam “İnsan Genom Projesi sonrasında…” ile başlayan cümleler kuruyorum. Bu durumdan o kadar soğudum ki artık biyoinformatiğin geçmişinden bahsetmenin başka yollarını arıyorum. Elimde şöyle bir bakış açısı var; insanoğlu olarak canlılığın anlamına doğru kazarken, açtığımız çukurda genetik bilgiyi elde ettik. Bunun olması bizi öyle heyecanlandırdı ki, canlılığa bakış açımız değişti. Artık elimizde bir kod vardı ve en basit haliyle bu kodu düzenlemek, canlılığı düzenlemek olacaktı. Bu noktadan sonra genetik mühendisliği ile ilgili alanların gelişimi durdurulamazdı.

Bir Kurs Geçti, Kamp Devam Ediyor yazısının devamı

Biyoinformatik

Bu alanın adını artık daha çok duymaya başlayacaksınız; belki en azından bu blogu okudukça.

Türkiye’de biyoinformatik alanında güzel şeyler oluyor. Bunların büyük ölçüde öncülerinden olan Ahmet Raşit Öztürk tarafından düzenlenilen biyoinformatik kampında yer alıyorum, Kayseri’de.

Geçtiğimiz hafta yoğunlaştırılmış bir biyoinformatik kursu, 100’ün üzerinde katılımcı ile gerçekleşti, onları uğurladıktan sonra buradan da takip edebileceğiniz gibi çekirdek bir ekip 5 haftalık bir kampa devam edeceğiz.

Biyoinformatik Kampı sürecinde her hafta (belki daha sık) buradan bir şeyler paylaşacağım. Ne yaptığımızı daha çok bir ortak blogda yazıyor olacağız; ancak buradan da ilgi çekici kısımları elbette paylaşıyor olacağım. Bu alana ilgi duymak istiyorsanız elimden geldiğince buna teşvik edeceğim. İlgili yazılara üstteki menüde bulunan Biyoinformatik sekmesinden ulaşabilirsiniz.

Biyoinformatik yazısının devamı

Music in Retro Dystopia

Bir gelecek distopyası kurgulayacak olsaydım bugünün hayal gücüyle değil de, 20. yüzyılın ortalarının dünya görüşü ile yapardım. Aslında pek çok örneği bulunan şekliyle. Biyoteknolojik devrim de olmuş olabilir (ki tercihim budur), dünya robotlar tarafından ele geçirilmiş de. Her iki durumda da duymak istediğim müzik plak kayıtlarıdır. Cızırtılı, Amerikan tonları. Kısacası favori dünyam, kaçınılmaz olarak steampunk unsurları içeren bir tür retro distopyadır. Böyle bir dünyada insanlar Billie Holiday dinlerken organ ticareti yapar, retro robotlar ortalıkta gezinir, genetik bilimi aşırı ilerlemiştir ancak aletler hep analogtur. Uzayda insan kolonileri bile kurmuş olsak hayat mavi, gri, siyah değildir. Gotik olmaması için elimden geleni yaparım, güneş hep ışıldar; ancak karanlık ve korku da çoğu yerde hakimdir. Eminim gözünüzde çokça canlanmıştır.

Music in Retro Dystopia yazısının devamı

Yüzde Sıfır Faizle Biyolojik Bankacılık

Günümüzde insanoğlu hastalıklarla mücadelesini genetik platformda sürdürüyor. En yaygın, başımızı en çok derde sokan hastalıkların genetik temellerini anlamaya çalışıyoruz. Bu çalışmalar kaçınılmaz olarak çok sayıda uygun biyolojik örneğe ihtiyaç duyuyor. İşte tam da bu noktada bu yükü biyobankalar sırtlanıyor. Bildiğiniz bankaları unutun. Burada düşük faizli ihtiyaç kredileri yok. Yaşamın ta kendisi var.

Açık Bilim/ Şubat ’14/ Yüzde Sıfır Faizle Biyolojik Bankacılık