Etiket arşivi: biyoinformatik

ChIP-Seq: DNA İlişkili Proteinlerin Görev Yerlerini Bulmak

Bilim öncelikle doğayı anlamaya çalışır. Işığı, sesi, maddeyi; bir şeylerin diğerleri ile etkileşimini, süreçleri, olayları kısacası olan biten her şeyi. Anladığı şeyleri taklit etmeye, sürdürmeye, engellemeye, kontrol etmeye, geliştirmeye çalışır.

Bilimin karmaşık görünen yöntemlerinin altında yatan mantık çoğu zaman çok doğrudan ya da basittir fakat zekicedir. Biyolojik ortamlar söz konusu olduğunda ise yaşayan, dinamik bir dünyayı gözlemlemek oldukça zordur. Her şeyin hem de her şeyin moleküllerin birbiri ile etkileşiminden ibaret olduğu bir alana burnunuzu sokmak için zekice kurgulanmış bir yönteme ihtiyaç duyarsınız. Tıpkı DNA’nın üzerinde görev yapan proteinleri gözlemlemek için onları bulundukları yere sabitlemek gibi.

ChIP-Seq: DNA İlişkili Proteinlerin Görev Yerlerini Bulmak yazısının devamı

Reklamlar

HIBIT

Geçtiğimiz aylarda bir projemi bir konferansta poster olarak sergilemek/sunmak gibi bir iş edinmiştim. Bu macera sonunda bir kaç laf biriktirmiş oldum. Bunları not almıştım hemen yazılaştırmak adına ancak çarşambayı sel aldı, bir miktar geçikmiş oldu.

Lisans 3. sınıfta yani geçtiğimiz yıl ilk biyoinformatik projemi gerçekleştirdim. Mükemmel bir özetle, okuldaki bir hocamla ChIP-Seq sonuçlarında birden fazla yere haritalanan dizilerin geri kazanılmasına yönelik kafa yormuştuk. Proje dönem sonunda teslim edildikten sonra rafa kalkmıştı. Ta ki hocamın dikkat çekmesi ile HIBIT’ten haberdar olana dek. Sonrasında proje ile HIBIT’i bir posterde birleştirecektim. HIBIT yazısının devamı

D3’e Övgü

Veri analizinde en anlaşılır sonucu ortaya koyan tutumlardan biri görşelleştirmedir. Hatta karman çorman görünen veriler görselleştirme ile pek bi’ anlamlı görünür. Bugün biliyoruz ki görselleştirme için programlama dilleri ve yazılımlar gibi dijital araçlar kullanıyor.

Veri görselleştirme araçları arasında kullanım kolaylığı ve yenilikçiliği ile öne çıkan D3’ten biraz bahsetmek istiyorum. D3, web tarayıcısında özetle görselleştirme yapmak, etkileşimli grafikler oluşturmak için kullanılan bir JavaScript kütüphanesidir.

www.d3js.org 

HTML, CSS ve SVG tabanlıdır. Yani bu da demektir ki D3 kullanabilmek için en azından bu alt yapılara sahip olmak gerekiyor.

D3, öğrenmesi kolay ancak geliştirilmesi emek isteyen bir araç. D3 ile oldukça geniş bir yelpazede etkileşimli veri görüntüleme gerçekleştirebilirsiniz. Hemen biraz üstte vermiş olduğum adreste D3’ün maharetlerine hızlıca göz atabilirsiniz. Her bir örnek görselinin altında kaynak kodlarının verilmiş olduğunu görebilirsiniz; D3’ü kullanımı kolay yapan da bu doğrudanlığı aslında.

Kısacası D3, işi veri analizi ve veri görüntülemeye bir yerde düşen herkes için paha biçilemez bir kaynak.

D3 kullanabilmek için en azında HTML ve CSS bilmek gerektiğinden bahsetmiştim. Bunun için Codeacademy’de ilgili dersler size hemen yardımcı olabilir. Bu derslere de https://www.codecademy.com/en/tracks/web adresinden ulaşabilirsiniz.

Ek: Biyoloji alanında veri görselleştirme neye benzer diye aklınızdan geçiyorsa da http://ahmetrasit.com/blosum/ adresindeki uygulamaya göz atabilirsiniz.

 
 

Biyo Hackathon

Biyoinformatik kampında 48 saatlik bir kodlama maratonunu tamamladık. Biyo Hackathon adlı bu uygulamada yegane amacımız programlama yaparak biyoinformatik sorunlarına kendi çözümlerimizi getirmekti. Bu hackathon Türkiye’de alanında bir ilk oldu.

Hackathonlar bilgisayar programcılarının, yazılım, grafik veya donanım geliştiricilerin  genellikle yazılım projelerinde iş birliği yaptıkları 24 saat ile 1 hafta arasında süren etkinliklerdir. Biyoinformatik kampında yoğun şekilde ilgilendiğimiz Python programlama dilini kullanarak biyoinformatik alanında programlama deneyimlerimizi artırmak ve 48 saat boyunca tek bir amaca odaklanmak fikriyle bir hackathon düzenledik.

          Devamı: http://yazkampi2015.blogspot.com.tr/2015/07/bir-hackathon-gecti.html

Birkaç Konferans

Yaşam Bilimleri Biyoinformatik Eğitimi
ODTÜ Kimya Bölümü
16-18 Eylül 2015, http://www.biyoenformatikkursu.com/ 

The 2nd Middle East Molecular Biology Congress and Exhibition 2015
Istanbul Kongre Merkezi, 17-20 Eylül 2015, http://membs.org/membs/

Dokuzuncu Uluslararası Sağlık Bilişimleri ve Biyoinformatik Sempozyum (HiBiT)
Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi, Muğla, Turkey
16-17 Ekim 2015, http://hibit2015.mu.edu.tr/

 
 

Biyoinformatiğe Girişte Sağda: Programlama

Biyoinformatik kampında ne yapıyorsunuz tam olarak, diye sorular alıyorum yakın çevremden. En doğrudan cevabım  “kod yazıyoruz” oluyor. Konuya uzak kişiler biyoloji ve programlamayı bir araya koyarken, programlama işlerinin yalnızca bilgisayar mühendisleri tarafından yapılabileceği önyargısına takılıyorlar.

Her şeyden önce bugün programlama Google Play Store’a kendi yazdığı uygulamayı yükleyebilen çocuklarla ortaokul yaşlarına kadar düştü. Bu çocuklar uzakta değil, bir tanesini tanıyorum; sanırım 12 yaşındaydı, JavaScript biliyordu.

Biyoinformatiğe Girişte Sağda: Programlama yazısının devamı

Bir Kurs Geçti, Kamp Devam Ediyor

Ne zaman biyoinformatikle ilgili bir yazı yazacak olsam “İnsan Genom Projesi sonrasında…” ile başlayan cümleler kuruyorum. Bu durumdan o kadar soğudum ki artık biyoinformatiğin geçmişinden bahsetmenin başka yollarını arıyorum. Elimde şöyle bir bakış açısı var; insanoğlu olarak canlılığın anlamına doğru kazarken, açtığımız çukurda genetik bilgiyi elde ettik. Bunun olması bizi öyle heyecanlandırdı ki, canlılığa bakış açımız değişti. Artık elimizde bir kod vardı ve en basit haliyle bu kodu düzenlemek, canlılığı düzenlemek olacaktı. Bu noktadan sonra genetik mühendisliği ile ilgili alanların gelişimi durdurulamazdı.

Bir Kurs Geçti, Kamp Devam Ediyor yazısının devamı

Biyoinformatik

Bu alanın adını artık daha çok duymaya başlayacaksınız; belki en azından bu blogu okudukça.

Türkiye’de biyoinformatik alanında güzel şeyler oluyor. Bunların büyük ölçüde öncülerinden olan Ahmet Raşit Öztürk tarafından düzenlenilen biyoinformatik kampında yer alıyorum, Kayseri’de.

Geçtiğimiz hafta yoğunlaştırılmış bir biyoinformatik kursu, 100’ün üzerinde katılımcı ile gerçekleşti, onları uğurladıktan sonra buradan da takip edebileceğiniz gibi çekirdek bir ekip 5 haftalık bir kampa devam edeceğiz.

Biyoinformatik Kampı sürecinde her hafta (belki daha sık) buradan bir şeyler paylaşacağım. Ne yaptığımızı daha çok bir ortak blogda yazıyor olacağız; ancak buradan da ilgi çekici kısımları elbette paylaşıyor olacağım. Bu alana ilgi duymak istiyorsanız elimden geldiğince buna teşvik edeceğim. İlgili yazılara üstteki menüde bulunan Biyoinformatik sekmesinden ulaşabilirsiniz.

Biyoinformatik yazısının devamı