Seyit Zor tarafından yazılmış tüm yazılar

TED Kayseri Kolejinden 2012'de mezun oldu. Yıldız Teknik Üniversitesi'nde Biyomühendislik eğitimi görüyor. Bilim tutkunu. Teknoloji bağımlısı. Japon kültürüne meraklı. Bilim kurgu, çizgi roman takipçisi. Eski milli okçu. Boş zamanlarında oyuncak fotoğrafları çeker, yemek yapar.

ChIP-Seq: DNA İlişkili Proteinlerin Görev Yerlerini Bulmak

Bilim öncelikle doğayı anlamaya çalışır. Işığı, sesi, maddeyi; bir şeylerin diğerleri ile etkileşimini, süreçleri, olayları kısacası olan biten her şeyi. Anladığı şeyleri taklit etmeye, sürdürmeye, engellemeye, kontrol etmeye, geliştirmeye çalışır.

Bilimin karmaşık görünen yöntemlerinin altında yatan mantık çoğu zaman çok doğrudan ya da basittir fakat zekicedir. Biyolojik ortamlar söz konusu olduğunda ise yaşayan, dinamik bir dünyayı gözlemlemek oldukça zordur. Her şeyin hem de her şeyin moleküllerin birbiri ile etkileşiminden ibaret olduğu bir alana burnunuzu sokmak için zekice kurgulanmış bir yönteme ihtiyaç duyarsınız. Tıpkı DNA’nın üzerinde görev yapan proteinleri gözlemlemek için onları bulundukları yere sabitlemek gibi.

ChIP-Seq: DNA İlişkili Proteinlerin Görev Yerlerini Bulmak yazısının devamı

Reklamlar

Voice Over

Jose Martín Rosete, Luiso Berdejo

Birbirinin aynısı olduğu iddiasıyla üç aşırı durumu anlatan İspanya yapımı Fransızca dilinde 10 dakikalık bir film. Bilim kurgu, savaş, aksiyon ve dram unsurları içeren ve yönetmenine En İyi Sinematografi ödülü kazandıran filmin IMDb puanı ise 7.3/10.

***

Ucuz Bir Kartonla Açılan Sanal Gerçeklik Kapısı

Tuhaf, sıradışı tecrübeler yaşamak için teknolojinin yeterince gelişmesini mi beklemeliyiz ya da cüzdanımızın yeterince dolu olmasını?

Tek ihtiyacımız olan biraz inovasyon, yaratıcılık ya da pazarlama becerisi nasıl adlandırırsak adlandıralım yıllarca varlığını bildiğimiz ve gözümüzde büyüttüğümüz sanal gerçeklik bize bir karton kadar uzaktaymış. Bunu fark etmemizi geçtiğimiz yıl Google sağladı. Sonrasında zaten sanal gerçeklik gözlükleri bir trend yakaladı ve hayatın neredeyse bir parçası oldu, olmak üzere.
Ucuz Bir Kartonla Açılan Sanal Gerçeklik Kapısı yazısının devamı

All hail Sinatra!

Müzikleri kasetten dinlediğimiz dönemde yaşadığım rap müzik çılgınlığından caz müziğe öyle sert bir geçiş yapmıştım ki hayatımın bir dönemi hunharca Frank Sinatra olmuştu. Seslendirmiş olduğu şarkı sayısında dahi bir uzlaşma sağlanamamış olduğundan (1200 ile 1800 arasında) sonsuza dek Sinatra dinleme korkusuna kapıldığımda filmlerine geçmiştim.

Öncelikle Frank Sinatra ve Dean Martin’in on bin kere izlemiş olduğum bar videosunu buraya bırakayım.

Sinatra benim için nostaljik ya da eski değildi, keşfettiğim zaman tüm müzik türlerini bir kenara itip onu dinlemiştim. Sinatra benim için Dean Martin, Ella Fitzgerald, Sammy Davis Jr. gibi isimlere açılan kapı olmuştu aynı zamanda. Hal böyle olunca doğum gününü boş geçmek olmaz diye düşünerek bir kaç filmini (benim favorim olanları) paylaşmak istedim. Şarkılarını unutmaya fırsatımız yok ki hatırlayalım.

… ve evet, bugün Frank Sinatra’nın doğum günü.

 

Hemen izlemek isterseniz diye, tatmin edici bir kaynak: http://goo.gl/nOQMnM


 

 

 

HIBIT

Geçtiğimiz aylarda bir projemi bir konferansta poster olarak sergilemek/sunmak gibi bir iş edinmiştim. Bu macera sonunda bir kaç laf biriktirmiş oldum. Bunları not almıştım hemen yazılaştırmak adına ancak çarşambayı sel aldı, bir miktar geçikmiş oldu.

Lisans 3. sınıfta yani geçtiğimiz yıl ilk biyoinformatik projemi gerçekleştirdim. Mükemmel bir özetle, okuldaki bir hocamla ChIP-Seq sonuçlarında birden fazla yere haritalanan dizilerin geri kazanılmasına yönelik kafa yormuştuk. Proje dönem sonunda teslim edildikten sonra rafa kalkmıştı. Ta ki hocamın dikkat çekmesi ile HIBIT’ten haberdar olana dek. Sonrasında proje ile HIBIT’i bir posterde birleştirecektim. HIBIT yazısının devamı

Super Science Friends

Çizgi dizileri izlemek için çocuk olmaya gerek olmadığının farkındayız. Hatta Simpsons ile büyüyen bir nesil şimdi çoluk çoçuk sahibi.

South Park, Family Guy gibi “çocuklar için” sayılmayan çizgi dizileri her zaman izledik, izliyoruz. Adventure Time, Regular Show gibi humorlu çizgilerin tadı da hep damağımızda.

Bazen de öyle yapımlar çıkıyor ki mizah desen inceden, çizgiler özgün, tema şahane. Bundan tam 1 yıl önce Kickstarter’da bir proje sessiz sedasız kendine fon oluşturmak istemiş, 1 ay içerisinde 29,383 Kanada Doları toplayarak, hayata geçmiş. Sonrasında da fonlama sırasında vaat ettiklerini sahiplerine göndermiş. Super Science Friends yazısının devamı

Yapmanız gereken, anlayamayacağınız, unutulmaz, birbirinden iddialı…

Bu liste içerik olayını kim çıkardı, bir adım öne çıksın.

Korkarım çevrimiçi içerik üreticiliğinde yepyeni bir dönemdeyiz. Liste dönemi. Liste derleyici yazarların bir kısmının artık paragraflardan oluşan düz yazı yazma yeteneğini kaybetmiş olabileceğini bile düşünüyorum. Kimse gene de kişisel algılamasın.

Bir olayı, konuyu, olayları, konuları irdeleyen, inceleyen uzun ve “özgün” yazılar yazmanın zorluğu malum; hele de fotoğraflardan ve altlarındaki küçük paragraflardan oluşan listeler daha fazla talep görüyorsa. Düzenli liste üreticisi veya unutulmaz, muhteşem, en iyi yazarı iseniz bundan sonrası belki biraz gururunuza dokunabilir. Yoğun serzenişte bulunacağım.

Yapmanız gereken, anlayamayacağınız, unutulmaz, birbirinden iddialı… yazısının devamı

Çizgi Roman Evreninde Mutlak Dostluk Yoktur

Yaz tatili münasebetiyle bolca boş vaktim var. Boş vakit aktivitesi olarak her ne kadar kendime oyun oynamayı seçmiş olsam da arada değişik şeyler yapmak da içimden gelmiyor değil.

Bu yazıda alakasız bir kaç şey arasında bağlantı kuracağım ama epey alakasız gelebilir uyarmadı demeyin. Yaz stajı adına dolu dolu bir biyoinformatik kampı geçirdikten sonra dizüstü bilgisayarı ilk defa dizimin üstünde kullanmaya başladım. Nedeni artık fazlasıyla bilgisayarlı bir hayat geçireceğimi iliklerime kadar hissetmiş olmam. Bu his beni bu aletle sadece oyun oynama dürtüsünden uzaktlaştırıp ilginç bir şeyler yapmaya yöneltti, yöneltiyor.

Çizgi Roman Evreninde Mutlak Dostluk Yoktur yazısının devamı

“Bir Biyoinformatik Kampından Sonra”

Biyoinformatik kampı geçtiğimiz hafta tamamlandı. Dünya’nın işini yaptık.

Anlatmaya nerden başlasam bilemiyorum. Biyoinformatik, lisans eğitimi bulunan ya da sertifikalandırılabilen bir alan değil. Bu durum aslında tek bir şeyi aşırı önemli ve değerli kılıyor, kişisel çaba. Özellikle ülkemizde biyoinformatikle ilgilenmek için kesinlikle bir kişisel ilgiye sahip olmak ve daha da önemlisi kendi yolunuzu kendiniz çizmek durumundasınız. Bu durumun zorluğu çokça çabalamanızın gerekmesi, avantajı ise ülke sınırları içerisinde henüz keşfedilmemiş pek çok yönde kendi yolunuzu açabilme imkanı. Biyoinformatik alanındaki kararlılığı sürdürebilmenin tek yolu bir şekilde sizi bu yolda ilerletecek bir şeyler bulmak. Bu nedenle Türkiye’de biyoinformatik adına atılan her adım geleceği doğrudan şekillendiriyor.

“Bir Biyoinformatik Kampından Sonra” yazısının devamı

D3’e Övgü

Veri analizinde en anlaşılır sonucu ortaya koyan tutumlardan biri görşelleştirmedir. Hatta karman çorman görünen veriler görselleştirme ile pek bi’ anlamlı görünür. Bugün biliyoruz ki görselleştirme için programlama dilleri ve yazılımlar gibi dijital araçlar kullanıyor.

Veri görselleştirme araçları arasında kullanım kolaylığı ve yenilikçiliği ile öne çıkan D3’ten biraz bahsetmek istiyorum. D3, web tarayıcısında özetle görselleştirme yapmak, etkileşimli grafikler oluşturmak için kullanılan bir JavaScript kütüphanesidir.

www.d3js.org 

HTML, CSS ve SVG tabanlıdır. Yani bu da demektir ki D3 kullanabilmek için en azından bu alt yapılara sahip olmak gerekiyor.

D3, öğrenmesi kolay ancak geliştirilmesi emek isteyen bir araç. D3 ile oldukça geniş bir yelpazede etkileşimli veri görüntüleme gerçekleştirebilirsiniz. Hemen biraz üstte vermiş olduğum adreste D3’ün maharetlerine hızlıca göz atabilirsiniz. Her bir örnek görselinin altında kaynak kodlarının verilmiş olduğunu görebilirsiniz; D3’ü kullanımı kolay yapan da bu doğrudanlığı aslında.

Kısacası D3, işi veri analizi ve veri görüntülemeye bir yerde düşen herkes için paha biçilemez bir kaynak.

D3 kullanabilmek için en azında HTML ve CSS bilmek gerektiğinden bahsetmiştim. Bunun için Codeacademy’de ilgili dersler size hemen yardımcı olabilir. Bu derslere de https://www.codecademy.com/en/tracks/web adresinden ulaşabilirsiniz.

Ek: Biyoloji alanında veri görselleştirme neye benzer diye aklınızdan geçiyorsa da http://ahmetrasit.com/blosum/ adresindeki uygulamaya göz atabilirsiniz.